1. Phòng Tổ chức Hành chính:

Chức năng:  Tham mưu, tổng hợp, đề xuất và tổ chức thực hiện lĩnh vực công tác tổ chức, cán bộ, chế độ chính sách và bảo vệ chính trị nội bộ của ngành y tế, hoạt động hành chính của Sở Y tế

 2. Phòng Kế hoạch - Tài chính:

Chức năng: Tham mưu cho Giám đốc Sở Y tế thực hiện quản lý Nhà nước về công tác quy hoạch, kế hoạch và thống kê tin học y tế trên địa bàn tỉnh.

3. Phòng Nghiệp vụ Y:

Chức năng: Tham mưu cho Giám đốc Sở Y tế trong việc thực hiện chức năng quản lý Nhà nước về công tác chuyên môn nghiệp vụ Y và phát triển khoa học kỹ thuật trong ngành y tế.

4. BQL Quỹ khám chữa bệnh người nghèo:

Chức năng: Ban Quản lý Quỹ khám chữa bệnh người nghèo tỉnh Quảng Nam có trách nhiệm tổ chức thực hiện tốt việc khám chữa bệnh cho người nghèo trên địa bàn tỉnh đúng quy định tại Quyết định số 139/2002/QĐ-TTg ngày 15/10/2002 của Thủ tướng Chính phủ; Quyết định số 14/2012/QĐ-TTg ngày 01/3/2012 của Thủ tướng Chính phủ về việc sửa đổi, bổ sung một số Điều của Quyết định số 139/2002/QĐ-TTg và hướng dẫn của Liên Bộ Y tế - Bộ Tài chính tại Thông tư Liên tịch số 33/2013/TTLT-BYT-BTC ngày 18/10/2013. Xây dựng quy chế hoạt động và tổ chức quản lý, sử dụng  Quỹ khám chữa bệnh người nghèo tỉnh Quảng Nam theo đúng quy định.

 5. Phòng Nghiệp vụ Dược:

Chức năng: Tham mưu cho Giám đốc Sở Y tế trong việc thực hiện chức năng quản lý Nhà nước về Dược và các loại Mỹ phẩm có liên quan trực tiếp đến sức khỏe của con người trên địa bàn tỉnh.

6. Thanh tra Sở Y tế:

Chức năng: Thực hiện quyền thanh tra Nhà nước chuyên ngành về y tế trong phạm vi quản lý Nhà nước của Sở Y tế, thanh tra, kiểm tra việc thực hiện chính sách, pháp luật, nhiệm vụ, kế hoạch theo luật định, xét giải quyết khiếu nại, tố cáo của công dân theo thẩm quyền; Tham mưu cho Giám đốc Sở Y tế thực hiện chức năng quản lý Nhà nước về công tác kiểm tra, thanh tra y tế, giải quyết khiếu nại tố cáo của công dân theo thẩm quyền và quản lý chuyên ngành y tế trên địa bàn tỉnh. Thanh tra Sở Y tế được sử dụng con dấu của Thanh tra theo quy định của Pháp lệnh Thanh tra.

7. Công đoàn ngành Y tế:

Chức năng:  Công đoàn Ngành Y tế tỉnh Quảng có 43 Công đoàn cơ sở trực thuộc (trong đó 07 công đoàn cơ sở sự nghiệp ngoài công lập, 03 công đoàn cơ sở hành chính nhà nước, 33 công đoàn cơ sở đơn vị sự nghiệp công lập)

         Công đoàn đại diện và bảo vệ các quyền, lợi ích hợp pháp chính đáng của người lao động; có trách nhiệm tham gia với Nhà nước phát triển sản xuất, giải quyết việc làm, cải thiện đời sống vật chất, tinh thần của người lao động.

         Công đoàn đại diện và tổ chức người lao động tham gia quản lý cơ quan, đơn vị, tổ chức, quản lý kinh tế xã hội, quản lý Nhà nước trong phạm vị chức năng của mình, thực hiện quyền kiểm tra giám sát hoạt động của cơ quan đơn vị, tổ chức theo quy định của pháp luật.

          Công đoàn có trách nhiệm tổ chức, giáo dục động viên người lao động phát huy vai trò làm chủ đất nước, thực hiện nghĩa vụ công dân, xây dựng và phát triển bảo vệ Tổ quốc Việt Nam XHCN.