1. Phòng Tổ chức Hành chính:

Chức năng:

 Tham mưu, tổng hợp, đề xuất và tổ chức thực hiện lĩnh vực công tác tổ chức, cán bộ, chế độ chính sách và bảo vệ chính trị nội bộ của ngành y tế, hoạt động hành chính của Sở Y tế

 2. Phòng Kế hoạch - Tài chính:

Chức năng:

 Tham mưu cho Giám đốc Sở Y tế thực hiện quản lý Nhà nước về công tác quy hoạch, kế hoạch và thống kê tin học y tế trên địa bàn thành phố.

3. Phòng Nghiệp vụ Y:

Chức năng: Tham mưu cho Giám đốc Sở Y tế trong việc thực hiện chức năng quản lý Nhà nước về công tác chuyên môn nghiệp vụ Y và phát triển khoa học kỹ thuật trong ngành y tế.

4. BQL Quỹ khám chữa bệnh người nghèo:

Chức năng: Ban Quản lý Quỹ khám chữa bệnh người nghèo tỉnh Quảng Nam có trách nhiệm tổ chức thực hiện tốt việc khám chữa bệnh cho người nghèo trên địa bàn tỉnh đúng quy định tại Quyết định số 139/2002/QĐ-TTg ngày 15/10/2002 của Thủ tướng Chính phủ; Quyết định số 14/2012/QĐ-TTg ngày 01/3/2012 của Thủ tướng Chính phủ về việc sửa đổi, bổ sung một số Điều của Quyết định số 139/2002/QĐ-TTg và hướng dẫn của Liên Bộ Y tế - Bộ Tài chính tại Thông tư Liên tịch số 33/2013/TTLT-BYT-BTC ngày 18/10/2013. Xây dựng quy chế hoạt động và tổ chức quản lý, sử dụng  Quỹ khám chữa bệnh người nghèo tỉnh Quảng Nam theo đúng quy định.

 5. Phòng Nghiệp vụ Dược:

Chức năng:

 Tham mưu cho Giám đốc Sở Y tế trong việc thực hiện chức năng quản lý Nhà nước về Dược và các loại Mỹ phẩm có liên quan trực tiếp đến sức khỏe của con người trên địa bàn tỉnh.

6. Thanh tra Sở Y tế:

Chức năng:

 Thực hiện quyền thanh tra Nhà nước chuyên ngành về y tế trong phạm vi quản lý Nhà nước của Sở Y tế, thanh tra, kiểm tra việc thực hiện chính sách, pháp luật, nhiệm vụ, kế hoạch theo luật định, xét giải quyết khiếu nại, tố cáo của công dân theo thẩm quyền; Tham mưu cho Giám đốc Sở Y tế thực hiện chức năng quản lý Nhà nước về công tác kiểm tra, thanh tra y tế, giải quyết khiếu nại tố cáo của công dân theo thẩm quyền và quản lý chuyên ngành y tế trên địa bàn tỉnh. Thanh tra Sở Y tế được sử dụng con dấu của Thanh tra theo quy định của Pháp lệnh Thanh tra.

7. Công đoàn ngành Y tế:

Chức năng: